5746 Sayılı Kanun’a Ait Uygulama ve Denetim Yönetmeliğinde Yapılan Önemli Değişiklikler

5746 Sayılı Kanun’a Ait Uygulama ve Denetim Yönetmeliğinde

Yapılan Önemli Değişiklikler

Bilindiği üzere 7263 sayılı ve 7346 sayılı Kanun’lar, 5746 sayılı Kanun’un birtakım hükümlerini değiştirmiş veya yeni hükümler eklemişti. Söz konusu değişikliklerin Yönetmeliğe yansıması veya uyumlandırılması ise 25.08.2022 tarihli Resmî Gazete’de yayımlanan ve 03.02.2021 tarihinden itibaren geçerli olmak üzere yayımı tarihinde yürürlüğe giren söz konusu Yönetmelik değişiklikleri ile gerçekleştirilmiştir.

Yönetmelikte yer alan bazı önemli değişiklikler ve eklemeler şu şekildedir:

1.   Temel bilimler ifadesinin desteklenecek programlar olarak değişmesi:

Yönetmeliğin 4/1-t bendinde yer alan “temel bilimler” ifadesi “desteklenecek programlar” olarak değiştirilmiş ve bu ifadenin yükseköğretim kurumlarının matematik, fizik, kimya ve biyoloji lisans programları ile Yükseköğretim Kurulundan alınan görüş üzerine Bakanlıkça belirlenecek diğer programları kapsamadığı belirtilmiştir.

2.   Gelir vergisi stopajı teşviki uygulaması:

Yönetmeliğin 8/1’inci fıkrasında yapılan değişikle; Ar-Ge, tasarım ve destek personelinin bu çalışmaları karşılığında elde ettikleri ücretleri üzerinden hesaplanan gelir vergisinden, 01.01.2022 tarihinden önce 193 sayılı Kanun’un 32’nci maddesinde düzenlenen asgari geçim indirimi, 01.01.2022 tarihinden sonra anılan Kanun’un 23/1-18’inci bendinde düzenlenen asgari ücret istisnasına isabet eden vergi düşüldükten sonra kalan vergi tutarının; doktoralı olanlar ile desteklenecek programlardan birinde en az yüksek lisans derecesine sahip olanlar için %95’i, yüksek lisanslı olanlar ile desteklenecek programlardan birinde lisans derecesine sahip olanlar için %90’ı ve diğerleri için %80’i, verilecek muhtasar beyanname üzerinden tahakkuk eden vergiden indirilmek suretiyle terkin edileceği düzenlenmiştir.

Yönetmeliğin 10/4’üncü fıkrasında yapılan değişiklikler ve 10/4-c bendine eklenen cümlelerle gelir vergisi stopaj teşviki kapsamında değerlendirilecek diğer süreler ise şu şekildedir;

a.   Ders verilmesi ve mentorluk faaliyeti:

     i.        Ar-Ge veya tasarım merkezlerinde doktora mezunu personelin üniversitelerde Ar-Ge ve yenilik alanında ders vermesi ve bu dersin içeriğinin Ar-Ge, yenilik, teknoloji, inovasyon, girişimcilik gibi hususlarla ilgili olduğunun üniversiteler tarafından tevsik edilmesi ve ilgili Ar-Ge veya tasarım merkezi yönetimi tarafından onaylanarak Bakanlığa bildirilmesi veya

    ii.       Ar-Ge ve tasarım personelinin, 4691 sayılı Kanun kapsamında kurulan teknoloji geliştirme bölgelerinde bulunan girişimcilere mentorluk yapması ve bu mentorluk faaliyetinin, teknoloji geliştirme bölgesi yönetici şirketi tarafından tevsik edilmesi ve ilgili Ar-Ge veya tasarım merkezi yönetimi tarafından onaylanarak Bakanlığa bildirilmesi durumunda,

mentorluk faaliyeti ve ders saatine karşılık gelen sürelerin toplamda haftalık 8 saati aşmamak şartıyla, bu çalışmaları gelir vergisi stopajı teşviki kapsamında değerlendirilecektir.

b.   Uzaktan çalışma esası:

Teşvik kapsamında Ar-Ge veya tasarım merkezlerinde çalışan personelin toplam sayısının veya teşvike konu edilen toplam çalışma sürelerinin %20’sini aşmamak kaydıyla belirtilen durumlar haricinde bu merkezler dışında geçirilen süreler de ilgili Ar-Ge veya tasarım merkezi yönetimi tarafından Bakanlığa bildirilmesi durumunda gelir vergisi stopajı teşviki kapsamında değerlendirilecektir.[1]

Buna göre, Ar-Ge veya tasarım merkezi dışında geçirilen sürelerde gelir vergisi stopaj teşviki uygulamasının usul ve esasları 27.05.2022 tarihinde yayımlanan 5746 sayılı Kanun’a ilişkin 9 seri no.lu Tebliğ ile 12.10.2021 tarihinden itibaren geçerli olmak üzere yürürlüğe girmiştir.

Diğer yandan, uzaktan çalışma hesabında geçerli olan %20’lik kanuni oran Cumhurbaşkanına tanınan yetki ile önce %50 olarak uygulanmış daha sonra ise 5806 sayılı karar uyarınca 21.07.2022-31.12.2023 tarihleri arasında geçerli olacak şekilde %75’e çıkartılmıştı.

c.    Merkez dışında gerçekleştirilen faaliyetler ile lisansüstü/doktora eğitimi için dışarıda geçirilen süreler:

Ar-Ge veya tasarım merkezlerinde çalışan Ar-Ge veya tasarım personelinin bu merkezlerde yürüttüğü projelerle doğrudan ilgili olmak şartıyla, proje kapsamındaki faaliyetlerin bir kısmının Ar-Ge veya tasarım merkezi dışında yürütülmesinin zorunlu olduğu durumlarda, Ar-Ge veya tasarım merkezi yönetiminin onayının alınması ve Bakanlığın bilgilendirilmesi kaydıyla, merkez dışındaki bu faaliyetlere ilişkin ücretlerin yüzde yüzünü aşmamak şartıyla Cumhurbaşkanınca belirlenen kısmı ile Ar-Ge veya tasarım merkezlerinde çalışan Ar-Ge veya tasarım personelinin yüksek lisans yapanlar için bir buçuk yılı, doktora yapanlar için iki yılı geçmemek üzere Ar-Ge veya tasarım merkezi yönetimi tarafından Bakanlığa bildirilmesi şartıyla merkez dışında geçirdiği sürelere ilişkin ücretlerin yüzde yüzünü aşmamak şartıyla Cumhurbaşkanınca belirlenen kısmı gelir vergisi stopajı teşviki kapsamında değerlendirilecektir.

3.   Sigorta primi desteğindeki haftalık çalışma saati konusu:

Yönetmeliğin 11/8’inci fıkrasında yer alan ve değişiklik öncesinde kapsama giren personel için uygulanan sigorta primi desteğindeki Ar-Ge, yenilik ve tasarım faaliyetlerinin haftalık 45 saati doldurması halinde çalışılan haftaya ilişkin hafta tatili sigorta primi işveren hissesi desteği uygulamasında dikkate alınmaktaydı. Son düzenlemeyle birlikte, “haftalık 45 saat” ibaresi “işyerinin haftalık çalışma saatinin tamamı” olarak değiştirilmiştir. Buna göre ilgili personel haftalık 45 saati dolduramasa dahi işyerinin haftalık çalışma saatinin tamamında çalışmış olması halinde hafta tatili sigorta primi işveren hissesi desteği uygulamasına alınacaktır.

Sigorta primi desteğindeki çalışma saatine ilişkin ibare değişikliğini 5746 sayılı Kanun'a ait 9 seri no.lu Tebliğ ile gelir vergisi stopaj teşvikindeki süre hesabına ilişkin açıklamalar ile değerlendirmek gerekmektedir. Buna göre, anılan Tebliğ'in;

"(6) Tam zamanlı olarak merkezde çalışan bir personelin, hak kazanılmış hafta tatili veya hafta sonları çalışılmayan işletmelerde hafta sonları ile 2429 sayılı Kanunda belirtilen tatil günlerinde çalışmaması ve yıllık ücretli iznini kullanması durumunda bu sürelere isabet eden ücretler de teşvik kapsamındadır." fıkrasıyla haftada 5 gün çalışan işletmeler için Cumartesi gününün de hafta tatili içerisine dahil olduğu ve teşvik kapsamında olduğu belirtilmiş ve yine Tebliğ'in; 

"(8) Teşvik aylık bazda uygulandığından merkez veya bölge içinde ve dışında geçirilen sürelerin hesabında haftalık 45 saati geçmeyecek şekilde aylık çalışma süreleri dikkate alınacaktır. İlgili aylarda çalışılan iş günü sayısı ve günlük çalışma saatine göre hesaplamalar değişebilir..." fıkrasıyla beraber Tebliğ’de yer alan diğer örnekler incelendiğinde merkezde çalışılan teşvikli süre hesaplanırken haftalık 45 saati geçmeyecek şekilde ilgili haftada ve ayda fiilen çalışılan günler için hesaplanan toplam çalışma saatinin baz alınması gerekecektir.

Burada bir noktaya daha temas etmek gerektiğini düşünüyoruz. Yönetmeliğin 11/8’inci fıkrasının ikinci cümlesi “kapsama giren personelin ay içindeki çalışmalarının tamamının Ar-Ge, yenilik veya tasarım faaliyetleriyle ilgili olması halinde yıllık ücretli izin süreleri ile 2429 sayılı Kanun’da belirtilen tatil günlerine isabet eden ücretler de bu destek kapsamında değerlendirilir.” şeklindedir. Buna göre bu cümlede yer alan “ay içindeki çalışmalarının tamamının” ifadesini Yönetmeliğin 10/3’üncü maddesine uygun olarak anılan Tebliğ’in 6’ncı fıkrasında yer alan “tam zamanlı olarak merkezde çalışan personelin…” ifadesiyle beraber değerlendirilmesi gerektiğini ve esasında ay içi çalışmaların tamamı ifadesiyle tam zamanlı çalışan personelin kastedildiğini düşünmekteyiz.

Öyle ki, 2008/85 sayılı SGK Genelgesi’nde de kapsama giren personelin ay içindeki çalışmalarının tamamının Ar-Ge ve yenilik faaliyetleri ile ilgili olması halinde, hak kazanılmış hafta tatili ve yıllık ücretli izin süreleri anılan Kanun kapsamında değerlendirilecek, buna karşın Ar-Ge ve yenilik faaliyetlerinde kısmi zamanlı olarak çalışan personelin hak kazanılmış hafta tatili ve yıllık ücretli izin süreleri sigorta primi işveren hissesi desteği uygulamasında dikkate alınmayacaktır. Kaldı ki kısmi zamanlı bir iş ilişkisinde personelin hafta tatiline hak kazanması mümkün değildir.[2] Anlaşılan o ki yasa koyucu Ar-Ge faaliyetini kesintiye uğratma ya da süreksizleştirme tehlikesini barındıran bu tip bir çalışma biçimini teşvik etmekten kaçınmıştır.

Sonuç olarak, çeşitli sebeplerle çalıştığı işyerinde haftalık çalışma saatinin tamamında Ar-Ge faaliyetinde bulunamayan ve dolayısıyla hafta tatiline hak kazanamayan bir Ar-Ge personelinin 4875 sayılı İş Kanunu gereği tam zamanlı iş sözleşmesi kapsamında merkezde çalışması halinde aynı ayda kullanmış olduğu yıllık izin ya da resmî tatillerden kaynaklı olarak sigorta primi işveren hissesi desteğinden yararlanabilmesi imkân dahilinde olabilecektir.

4.   Desteklenecek programlara yönelik destekler:

Yönetmeliğin 15/1’inci fıkrasında yer alan “temel bilimler alanlarında” ibaresi “desteklenecek programlardan” şeklinde değiştirilmiş ve 3’üncü fıkraya ek ibare olarak Yükseköğretim Kurulundan alınan görüş üzerine Bakanlıkça belirlenecek diğer programlardan mezun personelin ise 03.02.2021 (dahil) tarihinden sonra işe alınması ve ilgili işletmede ilk kez istihdam edilmesinin söz konusu destekten[3] yararlanılabilmesi için esas olduğu belirtilmiştir.

5.   Ar-Ge ve tasarım merkezlerinin denetlenmesi:

Yönetmeliğin 21/11’inci fıkrasında yer alan “iki” ibaresi “üç” şeklinde değiştirilerek Ar-Ge merkezleri ile tasarım merkezlerinin Değerlendirme ve Denetim Komisyonu tarafından en geç üç yılda bir denetlenmesinin hukuken önü açılmıştır.

Buna ilaveten, Yönetmeliğe eklenen 21/A maddesi ile Ar-Ge ve tasarım projelerinin en az bir yıldır faaliyette bulunan teknoloji geliştirme bölgelerinin yönetici şirketleri tarafından denetlenmesi de Bakanlık tarafından yapılacak görevlendirmeye istinaden mümkün olabilecektir.

6.   Girişim sermayesi yatırımları:

5746 sayılı Kanun kapsamında Ar-Ge indiriminden yararlanan kurumlar vergisi mükelleflerinin girişim sermayesi uygulamalarıyla ilgili olarak Yönetmeliğe ek bir madde eklenmiştir. Buna göre;

i.            01.01.2022 tarihinden itibaren verilecek yıllık kurumlar vergisi beyannamesinde 5746 sayılı Kanun’un 3’üncü maddesi kapsamında yararlanılan indirim tutarı 1.000.000 Türk lirası ve üzerinde olan kurumlar vergisi mükellefleri tarafından, bu tutarın yüzde ikisi pasifte geçici bir hesaba aktarılacaktır.

ii.           Bu fıkra kapsamında aktarılması gereken tutar yükümlülüğü, yıllık bazda 20.000.000 Türk lirası ile sınırlıdır.

iii.          Bu tutarın, geçici hesabın oluştuğu yılın sonuna kadar Türkiye’de yerleşik girişimcilere yatırım yapmak üzere kurulmuş; 1) girişim sermayesi yatırım fonu paylarının satın alınması, 2) girişim sermayesi yatırım ortaklıkları, 3) 4691 sayılı Kanun kapsamındaki kuluçka merkezlerinde faaliyette bulunan girişimcilere sermaye olarak konulması şarttır.

iv.          Söz konusu tutarın ilgili yılın sonuna kadar aktarılmaması halinde, bu Kanun kapsamında yıllık beyanname üzerinden indirim konusu yapılan tutarın %20’si, ilgili yılda yararlanılan Ar-Ge indirimine konu edilemez.

v.           Bu tutar nedeniyle zamanında alınmayan vergiler vergi ziyaı cezası uygulanmaksızın tarh edilir.[4]